En la Junta de Arzobispos celebrada durante los días 27-30 de julio de 1937, en la ciudad de México, se aprobaron los Estatutos conforme a los cuales funcionaría el nuevo Comité Episcopal Mexicano (CEM): "organización que tiene por objeto mirar por el bien general de la Iglesia en nuestra Patria, defender la doctrina y los intereses de la misma y contribuir eficazmente al reinado de Jesucristo, sobre la base del Programa Nacional aprobado cada dos años por el venerable Episcopado" (art. 1). El Comité funcionaba como cuerpo orientador y consultivo, sin funciones legislativas. Estaba integrado por cinco Prelados (Presidente, Vicepresidente, Secretario y dos Vocales), elegidos en la Reunión bienal plenaria del Episcopado.

Durante esta etapa (1937-1955), la estructura del Episcopado Mexicano se fue consolidando y fue tomando una proyección cada vez más amplia y decisiva en la Iglesia en México. Todavía durante los dos primeros bienios de esta etapa, Mons. Ruíz y Flores actuó como Presidente del Comité; pero ya el 5 de noviembre de 1941 fue elegido Presidente el Arzobispo de Guadalajara, Mons. José Garibi Rivera, quien desempeñara dicho cargo por espacio de doce años consecutivos.

Fueron muchos y muy importantes los asuntos a los cuales dirigió su atención y su esfuerzo el Comité Episcopal durante esta etapa. Tal vez el más importante haya sido el de la Instrucción Religiosa y de la Educación en general. El Comité promovió el uso del Catecismo de Gasparri y posteriormente la elaboración de un "Texto Único de Catecismo" para todas las diócesis.

Fomentó que se diera catequesis a los alumnos de las escuelas oficiales, apoyó la creación de la "Comisión Central de Instrucción Religiosa", dependiente de la Acción Católica Mexicana, y secundó la publicación de folletos. Fue determinante el apoyo del Comité Episcopal para el esfuerzo por confederar las escuelas católicas y para crear organizaciones de padres de familia, por ejemplo la UNPP.

Se apoyaron las organizaciones de estudiantes y profesionistas católicos, así como el "Comité Permanente de Cultura Católica". Un logro trascendente fue sin duda el conseguir que el Gobierno Federal aceptara el funcionamiento de una Escuela Normal Católica, y que las escuelas particulares pudieran ser 'incorporadas' al sistema oficial.

En la excitativa dirigida por el Comité Episcopal, el 13 de julio de 1952, a los Superiores y Superioras de las Ordenes y Congregaciones Religiosas de Enseñanza, encontramos un testimonio del espíritu con que se promovía todo esto: puesto que "los pobres, que son la inmensa mayoria, se ven obligados casi siempre a enviar a sus hijos a las escuelas y colegios donde no se imparte instrucción religiosa", pide el Comité a los Superiores y Superioras "que abran colegios especiales para los pobres en todos aquellos lugares en que tienen colegios de pensionistas, aún cuando no ignora que en éstos se suelen conceder becas a algunos pobres".

El Comité Episcopal durante esos años apoyó y promovió decididamente la creación y/o el eficaz funcionamiento de Organismos e Instituciones cuya importancia pastoral para aquellos años, resulta ahora evidente:

Acción Católica Mexicana,
Unión Misional del Clero,
Seminario de Misiones Extranjeras, Secretariado Social Mexicano, Apostolado de la Oración,
Comisión Central de Música Sacra, Liga de la Decencia,
Apostolado del Mar,
Comisión Permanente de Religiosas, etc.

El Comité fomentó también las Reuniones de Superiores de Seminarios, que se fueron institucionalizando hasta formar una "Comisión Permanente". Requirieron igualmente una eficiente y prolongada atención de parte del Comité: los problemas económicos del Seminario de Montezuma; la preparación en México de la Conferencia del Episcopado Latinoamericano de Río de Janeiro (1955); el incremento del proselitismo protestante; la atención pastoral a los 'braceros' mexicanos en Estados Unidos y a los soldados y conscriptos; la organización y celebración del Congreso Nacional Mariano (octubre 1954) y del Congreso Interamericano de Música Sacra; la construcción del Monumento a Cristo Rey en el Cubilete y de la Plaza Monumental de la Basílica de Guadalupe.

Las "Cartas Pastorales Colectivas" del Episcopado Mexicano publicadas durante esta etapa (1937-1955), tuvieron como temas centrales: las Obras Pontificias Misionales, el Patronato Guadalupano, el Monumento a Cristo Rey, la Música Sagrada, la Cuestión Social, etc.

Se publicó también una Instrucción sobre el Sinarquismo, una excitativa en favor de los campesinos y unas Normas sobre el Cine y sobre los Intereses lícitos. Entre la enseñanza episcopal de este tiempo, cabe destacar, a modo de ejemplo, su orientación acerca de los 'agraristas': no han de ser inquietados si retienen sus parcelas, y no se les ha de negar la absolución.

A pesar de los esfuerzos del Comité Episcopal, algunos de los Proyectos que emprendió no lograron prosperar; por ejemplo: el Seminario Menor Nacional, el Diario Católico, las Causas de Beatificación de Mons. Castellanos y del Padre Pro, la solicitud de definición dogmática de la Maternidad Espiritual de la Santísima Virgen.