La Asamblea Plenaria del Episcopado Mexicano, celebrada durante los días 13-15 octubre 1955, declaró vigentes desde ese momento los Estatutos de la Conferencia del Episcopado Mexicano que recientemente habían sido aprobados por la Santa Sede, y constituyó más formalmente cinco "Comisiones Episcopales" como organismos para el estudio de cuestiones particulares y para la ejecución de las resoluciones de la Asamblea:

1a.- Para la preservación y propagación de la fe y para el texto de Catecismo.
2a.- Para Clero, Seminarios y Vocaciones.
3a.- Para Educación y Cultura Católica.
4a.- Para el Apostolado de los Seglares y el Secretariado Social.
sa.- Para asuntos extraordinarios.

Como se puede ver, durante la etapa 1955-1965 de la CEM, se prosigue el proceso organizativo de la misma Conferencia Episcopal, pero ahora con un sentido más 'democrático', basado en el texto mismo de los Estatutos, en el cual se nota que va emergiendo la Asamblea Plenaria como organismo supremo de la CEM y que se reserva para el Comité Episcopal el actuar en nombre de la Asamblea y de acuerdo al mandato recibido de la misma.

Durante esta etapa fue Presidente de la CEM, Mons. Octaviano Márquez y Toriz, Arzobispo de Puebla, quien había sido ya elegido Presidente del Comité Episcopal el 14 de octubre de 1953 y continuó al frente de la Conferencia Episcopal hasta octubre de 1959, fecha en que nuevamente es elegido Presidente el Sr. Cardenal José Garibi Rivera, Arzobispo de Guadalajara. Mons. Márquez fungió de nuevo como Presidente de 1963 a 1967.

La Conferencia Episcopal prosiguió e intensificó durante estos años la atención pastoral relativa a la Acción Católica Mexicana, al Secretariado Social, al Seminario de Montezuma, al Texto único de Catecismo, a la Música Sacra, a los 'braceros', etc., pero le tocó también hacer frente a retos nuevos y específicos, característicos de esta etapa, como fueron:

Estudiar la manera de aplicar a México las conclusiones de la Conferencia de Río de Janeiro.
Organizar la distribución de los víveres que por estos años enviaba a México la Conferencia Episcopal de Estados Unidos a través de 'Catholic Relief Services'.
Apoyar las 'Ejercitaciones por un Mundo Mejor' del P. Lombardi, e impulsar el Secretariado del Movimiento en México.
Fomentar el establecimiento del Secretariado Nacional de la Fe, del Secretariado Nacional de Vocaciones y del Secretariado Nacional de Prensa.
Estudiar los Estatutos de 'Cáritas' Mexicana.
Apoyar la celebración del Congreso Nacional Misionero.
Impulsar algunas organizaciones apostólicas se seglares, como:

EI Movimiento Familiar Cristiano
Los Cursillos de Cristiandad.
La Corporación de Estudiantes Mexicanos.
La Asociación Nacional Guadalupana de Trabajadores Mexicanos
La Legión de María
Las Congregaciones Marianas y
La Adoración Nocturna Mexicana.
Apoyar la fundación de:

La Sociedad Teológica Mexicana
La Sociedad Bíblica Católica Nacional y
de la Conferencia de Superiores Mayores de Religiosos (actualmente "Conferencia de Institutos Religiosos de México" CIRM).
Estudiar las bases constitutivas del Centro Nacional de Ayuda a las Misiones Indígenas, etc.
Como se puede constatar, esta década de la CEM (1955-1965) fue muy rica en logros organizativos y estructurales. Durante ella, igualmente, se dio gran impulso a la participación de los seglares y de los religiosos en las tareas eclesiales; se afrontó con intensa preocupación el problema educativo; se publicaron en octubre de 1956 unas "Declaraciones sobre los derechos y los deberes cívicos de los católicos".

Con decidido empeño se promovió la construcción del Seminario Mexicano en Roma; y -lo más importante- los obispos mexicanos tomaron parte en el Concilio Ecuménico Vaticano II, e iniciaron (en las Asambleas Plenarias de la CEM celebradas en Roma durante las Sesiones del Concilio) la renovación conciliar de la Iglesia mexicana, sobre todo en lo que se refiere a la reforma litúrgica y a la restauración del diaconado permanente. Es bien sabido que el Vaticano II encomienda muchos asuntos a la determinación pastoral de las Conferencias Episcopales.