La etapa postconciliar de la CEM ha estado marcada lógicamente por el esfuerzo prevalente de la Jerarquía (y en general de la Iglesia mexicana) dirigido a asimilar el espíritu del Vaticano II y a aplicar en México los Decretos Conciliares; así como también a preparar y celebrar la II y la III Conferencias Generales del Episcopado Latinoamericano (Medellín 1968 y Puebla 1979 respectivamente) y a aplicar en México sus conclusiones.

El Concilio Vaticano II, Medellín y Puebla han sido sucesivamente los focos del trabajo de la CEM desde 1966 hasta el presente. El Concilio Vaticano II motivó una indispensable reforma de Estatutos de las Conferencias Episcopales, conforme a un 'arquetipo' elaborado por la Santa Sede. La CEM hizo esta reforma en 1966.

Desde entonces el mecanismo y el estilo de trabajo de la CEM se ha venido descentralizando, y se les ha otorgado mayores competencias y más amplias atribuciones a las Comisiones Episcopales. A éstas se turnan normalmente los asuntos de rutina, y son ellas las encargadas de estudiar determinados asuntos, planear y desarrollar actividades pastorales a nivel nacional (según el área especifica de cada una), y ejecutar las resoluciones aprobadas por la Asamblea Plenaria.

Al parecer, otra característica de la presente etapa de la CEM ha sido el interés por planificar el trabajo de los diversos organismos de la Conferencia. Magnífico antecedente y experiencia de planeación pastoral a nivel nacional fue la "Unión de Mutua Ayuda Episcopal" (UMAE), que llegó a agrupar a la mayoría de las diócesis mexicanas, y que posteriormente fue asumida por la Comisión Episcopal de Pastoral de Conjunto, con el encargo de elaborar un 'Plan Pastoral Nacional'.

A la Asamblea Plenaria le compete, por Estatutos (art. 7d), aprobar los planes de trabajo de las Comisiones Episcopales y del Secretariado General al principio de cada trienio, y al final del mismo, evaluar sus informes.

Numerosos, casi incontables, han sido los asuntos que han merecido el estudio, la orientación magisterial o el esfuerzo pastoral de la Conferencia Episcopal, después del Vaticano II. A modo de ejemplo se podrian poner de relieve los que parecen más importantes:

• Empezando por la formación del Clero.
• Se llevó adelante el compromiso de la CEM relativo a la construcción del edificio del Colegio Mexicano en Roma y, después de inaugurado éste, se ha estado atendiendo a la designación de Superiores y se han afrontado sus problemas económicos.
• Se atendió también a la traslación del Seminario de Montezuma a México y a su transformación en el "Seminario lnterregional Mexicano", con sede en Tula, Hgo., ahora también desaparecido.
• Se elaboraron las Normas básicas nacionales para la formación sacerdotal, como 'acotaciones' al Ordenamiento fundamental ("Ratio") prescrito por la Santa Sede.
• Se aprobaron también las Normas mínimas de formación de los diáconos permanentes.
• Con prolongado interés y durante varios períodos, se han venido estudiando algunos proyectos encaminados a la creación de la Facultad Teológica Nacional o Universidad Pontificia.
• A nivel nacional se ha ido cuidando la previsión social de los sacerdotes por medio del "Círculo Cultural y de Asistencia Social" (CCyAS).
• La XXVI Asamblea Plenaria de la CEM (noviembre 1980) tuvo como tema central de sus deliberaciones 'La Pastoral Vocacional en la promoción y en la formación'.

En el aspecto litúrgico, la CEM ha promovido la edición de los libros litúrgicos y la traducción de los textos al español hablado en México. Durante los primeros años de esta etapa, la CEM prosiguió el trabajo (ya iniciado en la anterior) de estudiar esa larga serie de asuntos que el Decreto conciliar y la ulterior legislación sobre la Liturgia dejan a la determinación de las Conferencias Episcopales.

Con pastoral atención, el Episcopado ha ido siguiendo de cerca, orientando y animando a los Movimientos apostólicos de seglares como la Acción Católica Mexicana, el Movimiento Familiar Cristiano, Encuentros Matrimoniales, etc. Repetidamente se han dado orientaciones sobre paternidad responsable. Se creó el Consejo Nacional de Laicos.

Por empeño de la Comisión Episcopal de Evangelización y Catequesis, se elaboró el Directorio Nacional de Catequesis. Se comenzó a organizar la Pastoral Universitaria. En septiembre de 1971 se dedicó una Asamblea Extraordinaria de la Conferencia a los problemas de la Educación en México. Se ha apoyado a la Sociedad Teológica Mexicana, la cual en noviembre de 1969 realizó su Congreso de Teología sobre "Fe y Desarrollo".

Con el patrocinio de la Comisión Episcopal de Pastoral Social, se llevó a cabo, también en 1969, la "Reflexión Episcopal Pastoral" como un esfuerzo para poner en práctica en México las conclusiones de la Conferencia de Medellin. En algunas ocasiones se ha puesto atención al proceso de las Comunidades Eclesiales de Base. Se ha reglamentado la disciplina penitencial en México. Se ha puesto empeño en las Causas de Beatificación de los "Mártires Mexicanos" y de otros Siervos de Dios.

Las comunicaciones sociales y su implicación en la evangelización, así como una adecuada información a la opinión pública, han sido objeto de atención por parte de la CEM, cuya Comisión Episcopal de Comunicaciones Sociales sostiene la "Oficina Mexicana de Información", que edita el boletín semanal "Documentación e Información Católica" (DIC); se dedicó a estos asuntos la XXVII Asamblea plenaria de la CEM en abril 1981.

En orden a una mejor coordinación pastoral con los religiosos, se creó la Comisión Mixta CEM-CIRM.

La participación del Episcopado Mexicano en las varias Sesiones del Sínodo Episcopal en Roma, por medio de sus representantes, ha exigido de la CEM una adecuada preparación para cada Sesión.

Ante ciertos grupos contestatarios, como "Sacerdotes para el Pueblo" y "Cristianos por el Socialismo", la CEM adoptó una postura crítica. De igual manera; por la orientación ideológica que fueron tomando el Secretariado Social Mexicano (SSM) y el "Centro Nacional de Comunicación Social" (CENCOS), llegaron a hacerse conflictivas las relaciones de la CEM con estos organismos que durante algún tiempo estuvieron tan ligados a la Conferencia Episcopal.

Los Documentos Colectivos que el Episcopado Mexicano emitió durante los años de 1965 a 1975, han sido publicados en un volumen por la Comisión Episcopal de Medios de Comunicación Social: Ediciones Paulinas, 1977. De entre esos documentos, los más extensos y que parecen haber tenido mayor repercusión en la opinión pública y en la conciencia del Pueblo de Dios, son los siguientes:

• Carta Pastoral del Episcopado Mexicano sobre el Desarrollo e Integración de nuestra Patria (marzo 1968).
• Mensaje del Episcopado al Pueblo de México sobre la Reforma Educativa (agosto 1969).
• Instrucción Pastoral del Episcopado Mexicano sobre la actualización del Apostolado de los Laicos en México (enero 1970).
• Mensaje del Episcopado Mexicano al Pueblo de México sobre la Paternidad Responsable. (diciembre 1972).
• Mensaje del Episcopado Mexicano al Pueblo de México sobre el Compromiso Cristiano ante las Opciones Sociales y la Política (octubre 1973).
  Posteriormente se publicaron las Exhortaciones Pastorales:
• "Fidelidad a la Iglesia" (abril 1976).
  " La presencia de Santa María de Guadalupe y el Compromiso Evangelizador de nuestra Fe" (agosto 1978).